Entre os instrumentos de regulação do acesso assistencial preconizados estão os protocolos clínicos e operacionais.

Os Protocolos Clínicos têm como objetivo padronizar o uso de recursos terapêuticos e propedêuticos estratégicos, para otimizar a disponibilidade versus demanda as ações e serviços de saúde, otimizar o  alto custos das tecnologias utilizadas e  para qualificar a assistência prestada.

Os Protocolos de acesso são diretrizes para orientar a solicitação e uso adequados e racionais das tecnologias de apoio, diagnóstico e da rede especializada. A utilização de protocolos de regulação constitui um importante instrumento de ordenação dos fluxos de encaminhamento, além de contribuir com a gestão do conhecimento e ser determinante na organização das ações de saúde. A implantação de protocolos, seja de acesso ou clínicos, requerem esforço conjunto de gestores e profissionais para que seu emprego seja, de fato, adequado às necessidades do serviço, permitindo o estabelecimento de objetivos e metas por meio da implementação de ações.

O Protocolo de acesso organiza a referência e contrarreferência entre os níveis de complexidade assistencial, orientando os atos profissionais que fazem parte dos protocolos clínicos. Para isso, são necessárias a constante revisão e discussão destes protocolos para o seu aprimoramento, de forma a permitir a sua utilização como ferramenta de regulação para os profissionais da atenção básica e orientar os encaminhamentos para a média e alta complexidade, como também uma organização de rede assistencial.